1929年2月23日至26日，南京政府卫生部召开第一届中央卫生委员会议。会上讨论了四项关于“废止中医”的提案，最后通过了废止中医案——《规定旧医登记案原则》。议案一旦实施，中医的废止便只是时间问题了。因此，在议案及余云岫的《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》公布后，立即遭到中医界的强烈反抗，也引起社会各界的强烈反响。

3月17日，全国281名代表在上海召开全国医药团体代表大会，成立了“全国医药团体联合会”，组成请愿团，要求政府立即取消议案。社会舆论也支持中医界，提出“取缔中医就是致病民于死命”等口号。

主张废止中医的余云岫、汪企张等，纷纷在各大报刊上发表废止中医的言论，回应中医界的批评。双方的争论已经由学理讨论泛化为政治意识形态争论。

不久，国民政府文官处批示：撤销一切禁锢中医法令。但是，仍然禁止中医参用西法西药，禁止中医学校立案，禁止中医开设医院。各地中医学校改成中医传习所，次年又改称中医学社。此举又引起中医界的抗争。废存双方的争论一直持续。1934年傅斯年的《所谓“国医”》和《再论所谓“国医”》的发表，又在舆论上掀起了一场激烈的中西医之争，直到抗日战争爆发后才趋于平和。