中小企业电子商务的应用主要集中在采购和销售环节，诚信体系不完善、电子商务人才匮乏、物流和认证等支撑体系不能满足电子商务需求等是制约电子商务盈利的主要因素。

　　1、诚信体系不完善

　　中小企业电子商务快速增长，提高了中小企业的利润，但是电子商务是在虚拟的平台中进行的，所以，电子商务交易的诚信问题也制约了中小企业电子商务的发展，另外，诚信体系完善，因此中小企业可能会顾客顾及诚信问题而流失大量的顾客。所以诚信体系不完善很大程度上制约了我国中小企业电子商务快速、健康的发展。我国中小企业电子商务诚信体系还不够完善，主要表现在以下几个方面：

　　(1)信息的可靠性问题

　　网络是新兴的媒体，有信息更新速度快，信息量大的优势，但是也存在很多问题，例如网络是虚拟的，任何人都可以以一定的身份发布一定的信息，而这些身份可以是是自己定义的任何身份，不一定是真实的身份，所以网络信息虚假，欺骗的很多。在电子商务活动中，易通过欺骗手段诱导交易对象的行为。广大消费者对网上诸多信息心存疑虑，丧失利用网络进行交易的信任。

　　(2)主体的信誉度问题

　　在我国，实施电子商务的法律体系还并不完善，所以在电子交易过程中，很多的交易的细节无法可依，致使电子商务主体的信用得不到保障，由于信息不对称，消费者购买产品并不具有专业性，无法对产品的品质，服务等做出正确全面的判断。

　　(3)交易的安全性问题

　　交易安全是顾客和中小企业最关注的一个问题，顾客不希望被诱导消费，上当受骗，当然中小企业也不愿意承担以匿名、更名或退出市场等方式逃避执行契约合同由此带来的风险。还有，在交易过程中，都是通过网上银行和电子帐号，在这个过程中，极其有可能在操作的过程中，出现了帐号和密码被窃取的状况，不管发生哪一种都有可能给交易的一方或多方造成经济损失。

　　2、电子商务人才匮乏

　　人才不足也是影响中小企业电子商务应用的一个重要因素。我国中小企业中，68%的中小企业没有配备计算机，60%没有自己的专业网站。80.9%的中小企业只配有5名以下IT技术人员，可以熟练使用计算机的员工只占总数的38.1%，一半员工停留在一般应用计算机的水平，技术力量较为薄弱。据艾瑞咨询调查显示，企业在面对电子商务应用时仍存在人才缺口，尤其是中小企业。中小企业对于电子商务人才的要求与大型企业不同，大型企业的电子商务人才是专业负责网络市场，而小企业需要的除了有电子商务的专业技术的同时还能拥有其他的诸如营销的一定行业背景和营销经验的复合型人才。

　　3、物流和认证等支撑体系不完善

　　中小企业的电子商务不是独立的模式，需要物流和认证等体系的全面支撑，目前物流管理和认证体系还不完善，跟不上电子商务的发展速度，所以物流和认证体系不完善形成了中小企业电子商务发展的瓶颈：电子商务的发展只是运作的媒介通过虚拟的网络，但是真正的交易达成，还需要传统的配套的服务才能得以顺利快速的进行。如果对电子商务的物流以及认证，支付等体系没有足够的认识和充分的重视，中小企业的电子商务盈利就会被限制。